In den 1970er Jahren war der See überdüngt und starkes Algenwachstum machte sich breit. Mit Hilfe eines milliardenschweren Programms wurden die Kläranlagen im Einzugsgebiet des Sees ausgebaut und mit Reinigungsstufen zur Phosphatfällung ausgerüstete. So konnte der unnatürlich hohe Eintrag von Nährstoffen und hier insbesondere von Phosphor über die Zuflüsse begrenzt werden.

Heute werden die Kläranlagen erneut aufgerüstet um Rückstände aus der Industrie und von Arzneimitteln aus den Abwässern zu entfernen.

Insbesondere die Internationale Gewässerschutzkommission für den Bodensee (IGKB) und die Arbeitsgemeinschaft Wasserwerke Bodensee-Rhein (AWBR) haben sich um den Gewässerschutz am Bodensee verdient gemacht. Ziel der Gewässerschutzpolitik IGKB ist es, den See "in einem langfristig stabilen ökologischen Zustand“ zu halten.

In den „Grünen Berichten" der IGKB können Sie alles über den limnologischen Zustand des Bodensees nachlesen: "Grüne Berichte".